В клиентской части программного обеспечения (программа ''FemtoScan``, файл femtoscan.exe) устанавливаются все параметры сканирования, из этой программы подаются все команды по запуску и остановке сканирования, подводу и отводу столика с образцом. В принципе, процесс сканирования не требует интерактивной работы с сервером, чем обусловлена возможность управления микроскопом через сеть с удаленного компьютера.
Для управления микроскопом предназначены команды меню SPM и кнопки панели инструментов SPM. При работе программы меню SPM есть всегда, а панель инструментов SPM можно включать и выключать -- за это отвечает галочка напротив слова Toolbar в меню SPM.