В конце работы остановите сканирование и отсоединитесь от сервера, последовательно убрав галочки в меню SPM/ Connect as Master и SPM/ Connect as Client. При закрытии программы все текущие параметры, а так же калибровочные константы, полученные с сервера, автоматически сохраняются на Вашем компьютере, и при следующем запуске программы будут восстановлены.